2010年5月21日金曜日

Rとジヌクレオチドの確率頻度を計りたい。



メモ用。


x<-c(1,2,3,4)#A,C,G,T


pi<-c(.25,.25,.25,.25)#1塩基での確率


sample(x,10,replace=TRUE,pi)


[1] 2 2 1 3 3 1 3 1 1 3


#こんな風にランダムに出力できる。


pstring <- sample(x,1000,replace=TRUE,pi)


#1000個出力してpstringに格納。


which(pstring==1)


#その中で1であるものを選んで1がある番号を出力。


sum((which(pstring==1)+1)==which(pstring==2),na.rm=TRUE)


#12となる文字列の数を数える(あやしー)





1 件のコメント:

  1. 前ブログより

    dichikaさん 2010/05/20 22:59 twitterでみかけて気になっていた疑問でした。
    pstringを作った後
    pstring2 <-c(pstring[-1],NA)
    p <-paste(pstring,pstring2,sep="")
    length(grep("12",p))
    ではどうでしょうか。

    maoringo 2010/05/23 16:37 dichikaさん、ありがとうございます!スマートです。きれいに実行できました。ありがとうございます!

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