2010年12月25日土曜日

観劇日記『黴菌』

迷った挙句、オークションでチケットを落として観に行ってきた。

久々の観劇。ま、面白かったです。
素材(役者さんたちやスタッフさんの力量)はいいし、料理人の(KERAさん)の腕もいいので
おもしろい作品だったと思います。ただ、ちょっとコストパフォーマンスは悪いかなぁ・・・
ちょっと高い感じはしました。

初めてKERAさんのお芝居を観たのですが、彼の力量の大きさは感じました。
僕、こんな種類の手品が出来て、こんなのも出来るんだけど、今回はこんな感じにしてみたけど
どうよ?と言われて、はぁ、と見ている感じ。
理系的にいうと、すごいっぽい研究を見せられて、理解は出来ないんだけど、すごそうなのは分かって
でも作っている人は不満な点もある感じで、それは自分の力が足りなくてうまく咀嚼できない気分です。
すごい力のある方なのですが、それはあくまで過程であり、それは彼の傑作ではなく、必ず狙える技を
かけて、喜ばせてもらっている気分なのです。

もちろん、色々な楽しみ方が出来て、エンターテインメントとして、笑い涙を求めてみることも
出来るし、ホームドラマじゃん、ってみることもできるけど、今回彼は何を言いたかったのだろうかとしばし考えてみることにします。

とりあえず、舞台の設定が昭和である必然性はあまり無い感じです。想像の上で作られている
という点を除いても、戦争経験者が書くような、そこから湧き上がるエネルギーのようなものは
感じられませんでした。昭和って言っちゃったし、3部作だし、まずは、それで制限を設けて書いてみよう
という書き始めを感じます。最後のセリフはちょっと苦しかったです・・・
そして、ところどころ、整合性が損なわれない程度に、昭和は取り込まれてはいますが、家の外の様子と照らし合わせると、やや、不自然な点は残るとは思います。

メッセージ性について
非常に巧みに脚本を書いているので、メッセージ性は包含され、暗喩されている向きも大きいと感じました。取り繕う男、自然な気持ちを隠し持つ、本当に思っていることは非常にいいにくい。大事なモノは意外とそばにある。全部作り事だったらいいのに。黴菌の存在は内部には限らない。状況によっても黴菌が悪かどうかさえ変わる。何が本当に正しいのだろうか、そういったことが暗には含まれていたように思う。

役者について

質の高い役者がそろっていて、さすがだな、と思いました。

北村一輝はいい俳優だということは
分かった。顔濃い、声が舞台の役者としてはやや汚め、動きは問題ない。色気はすごい。
ただ彼はやや映像向きであろう。

印象的だったのは仲村トオル、彼の演技を見るために、彼には何かが足りないということを
いつも感じることがあり、それが何かいつも気になるのですが、根本的に負の局面に心が陥りきることが
無いことが1つ足りないことなのかもしれないと思いました。
今回の芝居をみて、KERAさんはあて役で書く人で、その人のことをよく見ているし、その人の
魅力をひきだすことがうまい方だなとは感じたのですが、仲村トオルの不自然且つ魅力的な信念のような
ものを上手く引き出していたと思います。彼はすごそうに見せるのがうまい役者なのかもと失礼ながら思う。

緒川たまきはきれいでした。衣装さんのセンスも良かったですね~ビビッドな色をきれいに
着こなせる女優さんというのはやはり華のある存在なんだな、と思いました。
また、彼女の魅力を引き出すすべをやっぱり、彼はよくご存知のようです。

ともさかさんは親和力が高い役者さんということを感じました。
自分という核を柔軟に芝居に適用させることが出来る人、という意味です。

高橋惠子さんは美しかったです。憂いのある動きと声、プロでした。
女の心の機微みたいなものを巧みに表現されていたと思います。

生瀬さんはいい声だった。登場から光が見えたし、彼の機転の早さと自由度の大きさには圧倒されるものがある。東京の言葉と関西の言葉と、実にバイリンガルだったw

山崎さんの動きと雰囲気はステキでした。あのラジオの長台詞、役者だ!と思いました。他の役者さんたちもそうなのですが、非常に情景を浮かび上がらせられるほどの表現力をお持ちなのです。

岡田さんは初めて拝見しましたが、魅力的な役者さんですね。取り上げられて評価されるところを見る
機会が多かったのですが、納得しました。自然にひたむきに役に向き合い、理性とのバランスも取れている
珍しい役者さんだと思います。

犬山さんやみのすけさんは、この劇の安定剤としてうまくポイントを押さえていたと思います。
ちゃんと演出家のことを長い期間付き合って理解している人がいるというのは、劇を作る上で
大事なことですよね。

池谷さんが可愛らしく、かつ、ちょっとパターン芝居になっているのは、やや致し方なかったのかなぁという気もします。

小松さんのことは、ん~、あまりちゃんと注目してなかった。。。

長谷川博己はブレイク必至だと思います、今日の公演の調子は良くなかったですが、しかし、
正統派で骨太な演技が出来る人だと感じました。30代ってやや遅咲きのイケメン実力派役者が輝く
時期ですよね。

ふーたくさん書きましたが、おもしろくはありました。
映像は、非常に良かったです。また、低音の使い方が印象的な音も素晴らしかった。
照明のことはよく分からないので、誰か書いてくださいw

さて、良いクリスマスイブになりました。
誰か、私と芝居を見に行き、終わったあとに居酒屋でトークしようぜ。

2010年12月19日日曜日

R小技

既に書いたグラフに例えばx=1の直線を入れる方法

abline(1,0)

abline(b,a)
y=ax+b

と対応しているらしい。
参考URL
http://www.okada.jp.org/RWiki/?%A5%B0%A5%E9%A5%D5%A5%A3%A5%C3%A5%AF%A5%B9%BB%B2%B9%CD%BC%C2%CE%E3%BD%B8%A1%A7%CB%DE%CE%E3

画面の分割

#画面分割
par(mfrow=c(2,2))

四捨五入(ちょっと厳密には違う丸め方)
row(x)
切り捨て
floor(x)

2010年12月13日月曜日

勝手に美人論

"常識とは18歳までに身に付けた偏見のコレクションのことを言う"
"Common sense is the collection of prejudices acquired by age eighteen. "
~アインシュタイン~

最近この名言はよく出来ていると思う。
私は美人、イケメン、アンチエイジングというものに対してアンチテーゼを示したい。
それは、どんなにインテリな人間でも、イケメンに弱かったりする現実に対してのアンチテーゼでもあり、
自分に対しての戒めでもある。つまり、私はイケメンがすきだからだ。

美しいという言葉は色々な意味を包括した言葉である。
人を形容するときも、自然を形容するときも、現象を形容するときも使える便利な言葉だ。
数学者だったら美しい数式というように使ったりもする。所詮言葉は感情を入れる入れ物に過ぎず、
その大きさは人によっても異なる、と感じる。

美しいというのは、個々の観点から美しいと感じる物であり、それらは偏見のかたまりだと思うのだ。
ただ、美人やイケメン(ハンサム)<←面倒なので以下美人にまとめる>といったものは、多くの人に共有される偏見ゆえ、一般的にそうである、と思い込んでいるに過ぎないとだと思う。それがあたかも常識のようにふるまっている。だから、時代や国によって、美人の定義などころころと変わり、昔の美人の写真や絵をみてこれのどこが美人?と思ったりするのである。

ともかく、美人など偏見の作り出したコレクションに過ぎず、そのコレクションの中に自分が当てはまらないからといって、別段落ち込むことは無いのである。その美人という偏見のコレクションに踊らされて、そのコレクションの中に入ろうと整形や、エステに、何十万、何百万もかけるというのはナンセンスであると私は思う。

しかしながら、経験上、美人は得をする。私の姉はずっと美人で、彼女は美人であるからにして、得をしていたところが多分にあった。私は中途半端に整っている程度なので姉と共にいつか美人と言われる日が来ることを願っていた。私は高校を卒業して、少し痩せて、多少の化粧をして、その一般的な美人の範疇に多少なりとも入ったら、周りの扱いが変わったというのは間違いなく事実である。人の反応が違うのである。美人は便利で得なのは間違いない。これは両親に感謝すべきことなのかもしれないと思ったりもする。

今度は、スタイルについて考えてみよう。私は御世辞にもスタイルは良くない。
上半身と下半身のバランスが悪く、色々なところに肉がついていて、最近の美しい肉体とは程とおい。
最近は、細く長くメリハリがある身体というのが”スタイルが良い”ということの定義になっているように
思う。ただ、これも偏見のコレクションだ。しかもあまり実用的ですら無い。
それでも、私はこのコレクションに踊らされて、もっと美しい肉体に一度はなってみたいと思ってしまうのである。

お年寄りと話していて思ったことは、彼らはあまり、美人やイケメンを気にしていなくて、それよりも健康やその人の状況、良い顔かどうかを気にされていたりする。
見た目を重視できる年齢というのは、元気なときだけかもしれない。

結局、何が重要なのか、ということを考えると、自分が生きて行く上で、相手に良い印象を与えたいから
見た目というのは重視されるのである。その見た目が良い、の定義が偏見のコレクションになっていて、しかもメディアの発達でそのコレクションが偏っているものを当たり前に信じているということが問題なのである。しかもそれは、ある種の権力を持つ人によっても操作出来てしまうということが怖いことなのである。

人にとって重要なことは、おそらく、長く人が生き続けることであろうと思う。そのためには人の存続に優位な人の子孫を作っていくことだと思う。愛の定義はまた、色々あってそこでも議論が進んでしまいそうだけど(同性愛も愛だし)、とりあえず、その子孫を残すためには、自分の好みにあう人を基本的には1人
(以上?)見つけて2人以上の子どもを産むことなのだろう。要は、自分にとっての美人やイケメンを探せばいいだけなのだ。そのために、そのコレクションに入ることが必要だと思ったら、そのための努力をすればいいし、必要ないと思ったら、他の努力をすれば良いと思うのだ。

また、スタイルにおいても、健康につながる実用的なスタイルであることが大事だと思う。太り過ぎでも痩せ過ぎでもそのコレクションに入らないことはある種健全なことで、そのコレクションが健康なスタイルと重複することが人の存続にとっても良いことだと思う。
しかし、長生きすることが人という種の存続にとって良いことかどうかはまた、別の問題かもしれない。

今日は勝手に美人論を展開してみました。

2010年12月6日月曜日

高校生に伝えたいこと スライド資料φ(..)メモメモ

頭の中のごたごたを。

結局伝えたい事は、高校時代に全力を尽くせ、辛いけど。
失敗しても、間に合わないと分かっていても、そこで全力を尽くせるかどうかで決まる。
2年のこの時期ラストチャンス。
先を見据えて生きること。
進路は柔軟に。

もし悩んでいることがあったり、見学したかったら、気軽に言ってちょ。
実際に大学を見学しに行って、確かめてみるのもいいかも。大学はとっても自由なところで潜り込んで
授業をうけることもしやすいよ~

自分の糖鎖の研究はおもしろい。
アイデアがたくさん浮かぶ。
研究は何もかもがヒントになる可能性がある。
そして、巨人の肩に乗るようなもの。
世界を変える可能性をも秘めている。

時間があれば、セントラルドグマについて。

2010年11月29日月曜日

Rのデータフレームで全ての要素を0にする方法。

適当にデータフレームを作る。

a <- data.frame(vx = rnorm(4), vy = rnorm(4))
> a
          vx         vy
1 -0.8471887  0.3259928
2 -0.6407484 -0.7220875
3  0.5641560 -0.6801677
4 -0.5879207  0.1991004
列数を数えて(眼で分かれば数える必要もない)
行数の場合はnrow(a)

> ncol(a)
[1] 2

全部0にしてね~
行の場合はa[1:4,]<-0

> a[,1:2]<-0
はーい
> a
  vx vy
1  0  0
2  0  0
3  0  0
4  0  0

Rのデータフレームで特定の列(行)を削除する方法。

例えば10~20列目を削除したかったら
arudataframe <- arudataframe[,-10:-20]
例えば10~20行目を削除したかったら
 arudataframe <- arudataframe[-10:-20,]

以上。
こういう単純なことが調べにくいのがRの弱点だと思う。
(え、(゜∇゜ ;)エッ!?だったら作ればいいって??)そうですな。ヾ(´ε`*)ゝ


追記
簡単な追加の方法
> MetalDistance
MG CA MN ZN CU FE NI MO SE
FRU 0 0 0 0 0 0 0 0 0
FUC 0 0 0 0 0 0 0 0 0
GAL 0 0 0 0 0 0 0 0 0
GLC 0 0 0 0 0 0 0 0 0
MAN 0 0 0 0 0 0 0 0 0
NAG 0 0 0 0 0 0 0 0 0
NGA 0 0 0 0 0 0 0 0 0
8 0 0 0 0 0 0 0 0 0
> MetalDistance[9:11,] <- 0 > MetalDistance
MG CA MN ZN CU FE NI MO SE
FRU 0 0 0 0 0 0 0 0 0
FUC 0 0 0 0 0 0 0 0 0
GAL 0 0 0 0 0 0 0 0 0
GLC 0 0 0 0 0 0 0 0 0
MAN 0 0 0 0 0 0 0 0 0
NAG 0 0 0 0 0 0 0 0 0
NGA 0 0 0 0 0 0 0 0 0
8 0 0 0 0 0 0 0 0 0
9 0 0 0 0 0 0 0 0 0
10 0 0 0 0 0 0 0 0 0
11 0 0 0 0 0 0 0 0 0

2010年11月25日木曜日

Rでヒートマップ 適当メモ (せせけんwikiからも引用)

x <- read.table("x.txt",header=TRUE,sep="¥t",row.names=1)

⇒getwd()で今いる作業フォルダを確認してその位置からのx.txtを使います。

⇒ファイルの1行目がデータではなくサンプル名等の場合、
header=TRUE とし、1行目からデータが始まっている場合、
header=FALSE と指定する。
⇒sep=" "の部分で、読み込むデータファイルが何で区切られている
のか指定する。
⇒ファイルの1列目がデータではなく遺伝子名等の場合、
row.names=1 とし、1列目からデータが始まっている場合、
特に何も記述しない。
(もちろんR内でtableを自分で作っている場合には、この手順は必要ないです。)

 * 読み込んだデータを、numericクラスに変換する。数値に変換する必要があるためです。

x_numeric <- apply(x,c(1:2),as.numeric)

⇒行列の形をしたデータの全体をnumericにしたい場合、
apply関数の2番目の要素はc(1:2)とし、
全体に作用させたい関数をapply関数の3番目の要素とする。このapply関数はよく使います。
 


> x_numeric
           a   b   c   d
weight    55  60  42  70
height   150 173 148 180
body fat  28  12  22  15

*データ間距離を計算

x_euclid <- dist(x_numeric,method="euclid")

⇒numericに変換したデータ間のユークリッド距離を
求め、距離行列をx_euclidに代入している。
method=" "の部分は"euclid","manhattan","minkovski","canberra"が指
定できる。

*クラスタリングの方法を選択

x_ward_hclust <- hclust(x_euclid,method="ward")

⇒method=" "の部分は
"single","complete","average","centroid","ward"が指定できる。
(ちなみにここで
plclust(x_ward_hclust,hang=-1)
とするとデンドログラムがかけます。)

 ** ヒートマップの作成

heatmap(x_numeric,hclustfun= function(x_euclid) hclust(x_euclid,method="
ward"))


      ⇒numericとはxをnumericクラスに変換したデータ
      ⇒x_euclidとはxをユークリッド距離行列に変換したデータ
      ⇒function()とは関数の定義で、hclustfunのパッケージ内の
       ある関数を呼び出している。ここでは関数hclustをよびだして、
       xのユークリッド距離行x_euclidを引数としている。
(もっときれいな書き方があったようにも思うのですが、ちょっと思い出せなく
てすみません;;)

ちなみに
    * 行と列のクラスタリング方法を変えたい場合

      例として行をaverage法、列をward法でクラスタリングする

      x_average<-hclust(x_euclid,method="average")
      x_row<-as.dendrogram(x_average)
      heatmap(x_numeric, Rowv=x_row, hclustfun=function(x_euclid) hclust
(x_euclid,method="ward"))

      ⇒x_rowはx_euclidをaverage法でクラスタリングしたデータ
⇒heatmapにおいてRowvで行のデンドログラムを指定する
      ⇒列のクラスタリング法は heatmap()のhclust()で指定する。

です。

また保存する場合は
    * 保存するファイルを作成する

pdf("___.pdf",paper="a4r")#ファイル名と大きさを指定
heatmap(x_numeric,hclustfun= function(x_euclid) hclust(x_euclid,method="
ward"))
dev.off()

Local Blast めも

BlastとはDNAやタンパク質の配列を比較するツールである。
Local Blastはネット経由だと遅くなりがちだったりするので、ローカルで(自分のPCで)できたらいいじゃんってものである。

Local Blastのコマンドが新しくなった。

取ってきたaaファイルからblast検索に必要なファイルの作成
もと
formatdb -i yeast.aa -p T -o T

makeblastdb -in yeast.aa -dbtype prot -hash_index

もと
blastall -p blastp -d yeast.aa -i test.txt -o test.out
これが、新しくなったためにblastallが使えない(基本的に perlを使ってそれを経由して使うことは出来るらしい
blastp -db yeast.aa -query test.txt  -out test.out

blast
-i -d -p -o
blast +
-query -db -task -out



BLAST+ Traditional BLAST program
blastn –task blastnblastall –p blastn
blastpblastall –p blastp
blastxblastall –p blastx
tblastnblastall –p tblastn
tblastxblastall –p tblastx
blastn –task megablastmegablast
psiblastblastpgp
makeblastdbformatdb
blastdbcmdfastacmd





もと
-b 数字 

-num_alignments 数字
で出力に含まれるアラインメント数を指定
アラインメントされる配列数を限定する。

-e 0.1 でE-valueの閾値を指定
新 -evalue 0.1
E-valueが0.1以下でヒットした配列のみが出力される。

-F F で低複雑度領域(フィルタ)のマスクをオフにする。
オンだと(デフォルト) Xでマスクされていた(塩基配列ならN)部分が検索の際に考慮されていることがわかる。
もと オン・デフォルト
オフにするには
-F F
新 オフ・デフォルト
オンにするには
-seg yes

-v 数字 で検索結果リストとして出力する数を指定できる。
新 -num_descriptions数字


出力形式の変更
-m 9 で、結果をタブ区切りテキストとして出力できる。
新 -outfmt 6
タブ区切りテキストなので、表計算ソフトで読み込むことができる。

-T Tを指定すると、結果をHTML形式で出力する。
test.out → test.html に変更する。
新 test.html -html
リンクをクリックすると、NCBIの該当するエントリが開く。

ライフサイエンスQA

これは使いやすそう。うふふ。
http://qa.lifesciencedb.jp/

2010年11月17日水曜日

PDBめも 読み方 (一部)

どうやら必要な情報を取り出すためには、ブロックとしてではなくて、最初から何文字に何があるのか
ということが大事らしい。

1-6レコードタイプ
13-16 原子名
18-20 残基名
23-26 残基番号
31-38 X座標
39-46 Y座標
47-54 Z座標
55-60 占有率
61-66 温度因子
77-78 元素名


名大成田先生のpdfより
   1-4 ATOM
7-11 Atom serial number ←原子通し番号
13-16 Atom name ←原子名
17 Alternate location indicator
18-20 Residue name ←残基名
22 Chain identification ←ポリペプチド鎖名
23-26 Residue sequence number ←残基番号
31-38 X (Orthogonal Å coordinates) ←原子の直交Å座標値
39-46 Y (Orthogonal Å coordinates)
47-54 Z (Orthogonal Å coordinates)
55-60 Occupancy ←占有率
61-66 Temperature factor ←温度因子
73-76 ID ←識別コード
77-80 Sequential number ←通し番号

観劇日記 劇工舎プリズム「Δ」

後輩の劇を観てきた。
作演の彼は私の勧誘がきっかけでサークルに入ったなんて言ってくれるものだから
行かないわけにはいかなかったのである。後輩メイツからの連絡をいただいたなら、いかないわけにはいかなかったのである。後輩大好きな残念な先輩としても・・・。

思い出そう。

Δ、微分のおはなしだと思った。
曲線を微分すると線になり、線でさえも微分すると点になってしまう。
我々の世界は微分で出来た一部しか見ていない。本当に分かっていることなんて
ちょっとだけだ、ということなんだというテーマだと感じた。

冒頭と最後のカチューシャは、その曲線を出して、しまう、という動作に、すべてが集約されて
いたと考えるので良いのだろうか。
それを表現する仕組みを皆でつくろうとして、でもそれが出来ないと分かったときにはものすごい
混乱をもたらす。その危険性を我々は感じているだろうか、いや、ないだろう、と。

まぁ、理解しきれていない部分はあると思うけれど。
この微分と作演の考えが、私の考えた結果とあっていたならば、
非常に骨太で、芯の通った作品だと思った。
芯が太いから、ぶれずに済んでいるのだ。

惜しいのは、プリズムだからこその会話感の不足で
最近マーキュリーが得意としている
さりげない日常の会話につい人は引きこまれてしまうという事実に
プリズムの人たちは気づいていなくて、冒頭の会話の不自然で観客を
いくらか突き放してしまったであろうことが少々残念である。

ここに、先輩としての些かの反省があって、私はその事実に現役時代全く気がついて
いなかったのである。だから、勝手に責任を感じて唸ってしまったりする。
演劇のサークルが続いていくには、発展していって欲しいという思いがあって、この発展には2つ、サークルとして人と人が繋がり合う発展と、劇を作るという行為において発展していって欲しいという
思いである。

自分自身の反省として、前者においても後者においても、先輩方に比べて自分は多くのものを受け取ったのに少ないものしか伝えられなかったのではないか、という反省があるのだ。
後輩が作った劇に粗が目立ったりすると余計その思いが強くなって、もう引退して何年も経つのだから
いい加減にしろ、と自分でも思うのだが、そう思わずにはいられない瞬間というのもあるのである。でも当時はいっぱいいっぱいで、最善を尽くしているつもりだった。大した役者じゃなかったけど。

だから今回、役者の演技という面では粗が目立つにしろ、(悪かったわけではない、荒削りだっただけ)
写真や個々人の感想を見る限り、前者においても後者においてもそれは克服されつつある、と感じて
勝手にホッとしていたのである。この大変頭脳を使う、数学的且つ哲学的な劇を理解して協力しあえたのは頭脳派集団プリズムだからこその特技ではないか、それはうまいことやったなと。
ただ次回はメンバーも演出も変わるだろうから、次への危険性も大きいぞと老婆心ながらに心配していたりする。脚本に救われた部分が多々ある。削って鋭さを出し切っただけに、次下手に肉付けすると
残念なものになる可能性がある。
役者は時間の許す限り、他の団体に参加したり、観たりして、引き出しと武器を増やし、スタッフもスタッフ目線ではなく、作り手として劇に関わる強い視点を持っていてほしい。

実に独り言になってしまった。ただのおばあちゃんの独り言である。
もう、大学も卒業しちゃったから口出しを直接はすまい、と思っているからなんです。

でも、たまには、劇場に出向いて考えないと、ですね。

2010年11月16日火曜日

非日常の日常ーお台場生活(東京国際交流館)




お台場に住んで半年が経とうとしている。
私が住んでいるのは東京都江東区青海、東京国際交流館(http://www.tiec.jasso.go.jp/)
というところだ。
大学も性別も問わない巨大な国際寮だと思ってもらえば早いかもしれない。
ただ、寮と違うのは、1人で住むA棟とB棟の他に夫婦で住むC棟とD棟がある。
交流館だけあってほとんどが留学生や外国の研究者の方で、日本人はRA(Resident Assistant)として、主に大学院生(と日本人研究者)がサポート役として住んでいる。
普段は一人暮らしと変わらない。たまに留学生の日本語相談にのったり、翻訳の手伝い、入居サポートをしたりしている。(月一回報告書をRAは書くってのと、月一回会議がある)
施設はとても恵まれていて、私が住んでいるのはB棟だが、部屋も広いし(30平方メートル)、家具も備え付け(洗濯機、冷蔵庫、掃除機、アイロン、電気、ベッドなど)、体育館もジムも自習室も音楽室も調理室も(他にもいろいろ)ある。相談室もあって、万全である。ついでにお台場にあるだけあって、海はすぐそこで、部屋によっては海が見えたりもする。ついでに調べてもらえば分かるけどお台場にしちゃ破格の家賃だ。
A棟は洗濯機が共有ランドリーなのと、キッチンも共有キッチンだ。B棟も共有キッチンではないが共有スペース(ラウンジ)があって、そこにはテーブルが3つ入るくらいのスペースで、テレビもPCもあって、ちょっとしたフロアパーティーが開けるようになっている。

特徴的なのは、そしてしょっちゅうイベントがあって、バザーをしたり、ダンスパーティーがあったり、ハロウィンパーティーをしたり、色々な国を紹介するイベントがあったりする。クラブも盛んで、バレーボール、バスケ、ランナーズクラブ、なんてのもあったりする。交流館に住んでいる子供たちと関わっていろいろなことをするクラブなんてのもあるらしい(よく知らない)。日本語を学ぶ留学生のために、日本語教室もあるし、日本文化を学ぶ教室なんてのもある。
住んでる日本人も積極的な人が多くて、ちょっとビックリする。
留学生も多様な国から来ている。
一回社会に出てからの留学生や、1年だけ会社を休んで日本に来ている人もいて、色々な人に会える。

交流館だけあって会った人には気軽に挨拶するし、ゆりかもめで一緒になったら、ずっと目的の駅につくまでおしゃべりしたりする。

書くだけじゃよく分からないと思うけど、とりあえず、不思議な空間ってことは確かだ。
管理センターには職員さんがいらして、何か問題があったり、手続き関係は彼等に頼っている。
防災センターにも職員さんがいらして、見回りや、台車などの道具もお借りできる。

色々なイベントは学生支援機構だけでなく、他の国際交流の団体だったり、色々なところから支援を
いただいて行っているらしい。

仕分けの対象になっていて、2012年の3月までしか住めない。(今後どうなるのかなぁ)
確かに公平性を考えると致し方が無いと思うけれど、ここでの国際交流の文化は住んでいる日本人にとっても留学生にとっても非常に貴重な空間であり、経験が出来る理想的な環境であることは確かだ。

そして
お台場はきれいなところである。
ゴミ箱は至る所にあるし、案外公衆トイレも多い。
海は近くにあって、お台場海浜公園をはじめ、色々な公園が周りにあって緑もある。
フジテレビが近くにあったり、気軽にビーナスフォートやアクアシティお台場に行けるのは
ちょっと変わってるけど、観光スポットだけあって景色がいい。

買い物はちょっと不便だけど(自転車で5分くらい)週3回、八百屋さんがトラックで来てくれたり、コープデリなんかを使っている人もいる。B棟の一階にはデイリーヤマザキのストアがあって、コンビニは近くにある。(となりにイベントをよくやっている駐車場も近くにあるから、あのデイリーとても儲かっていそうである…中でパンも焼いてるらしい。)ゆりかもめもちょっと不便だけど、綺麗だし、時間によっては混まなくて快適な乗り物でもある。
と大雑把に紹介してみた。

気になることがあったら気軽にコメントしてください;-)

2010年10月20日水曜日

頭の中を整理する。


頭の中がごちゃごちゃしてきたら日記を書いて整理するのはいつものことです。
人前で書けないようなことは紙に書くとして、今はそうではないのでブログにまとめておくことにします。

最近、論文を読んでいます。
それは良いのですが、それを紹介するスパンが自分にとっては大変短くなっていて
でもそのスパンは周りの人にとっては短くは無いようで、ちょっと混乱しています。


http://blog.livedoor.jp/mt611jp/archives/51134108.html#さんより画像

去年いたラボでは論文を読むということをしなかったので(そもそも先行研究が無かった)
論文の読み方もわからず、英訳して理解もせずに発表というとっても情けない状況になっています。

ラボをうつった理由のひとつはもっと生物に近いことを学んで、研究に活かしたいという思いがあったからでした。希望通りたくさんの先生が今の環境にはいらっしゃって、幅広い分野を学ばせていただきました。それはそれでとても幸せだったのですが、最近、混乱しています。
やっぱ生物ひろーいんです。情報から生物を学ぶ方が、逆より簡単だよって言われることが
よくあるんですが、いやーはやーという感じで。

タンパク質ひとつ取ってみても、その実験を文字列だけで説明されても実感として分からなくて…
何をどこまで分かる必要があって、分からないままでもいいのかが分からなくて混乱しています。
学会にも見学でいくつか行かせていただいたのですが、実験をする方々の暗黙の了解が
私にとっては暗黙ではないので、それをどこまで理解すべきか混乱しています。

大先輩に相談したら、PCRを分子レベルで理解したらいいのではないか、と伺ったり、
自分の研究周りのことを理解したらいいんじゃない?と伺ったりして、
確かに自分の研究をなんとかしないと卒業も出来ないので、
まずは自分の研究周りで最低限必要な知識などを得ていきたいと思います。

後は英語。英語できないと辛い。
今も論文を読むペースが遅い一因。足りない文法は自分で補ったりして、Mのうちに
必要な知識は入れたいと思う。
英語できなくてもそれを補うくらいの強みがあればいいけど、そんなものはないし。
情報がめっちゃ強かったらそもそもこの選択をしていない。

周辺知識はやっぱり多いほうがいいし、タンパク質のX線結晶構造解析やNMR、質量分析
MD、また、機械学習の方法も理解しておいたほうがいいとは思うのだけど
そして配列解析チーム内にいるのだから、配列についても理解していた方が良いとは思うのだけど
でも自分はちょっとずつしか理解することが出来ないし、頭脳明晰とはほど遠いと思うから
少しずつ進んでいくしかないのだと思う。

頭の回転遅いけど、でもちっさいことにこだわる人間にしか出来ないこともあると思っているんだ、
今かける段階ではないけど、自分がこれからやりたい研究に対するビジョンはそれほど
悪く無いと思うんだ。それを実現するために必要なことはたくさんありすぎて、どうしようかというくらい
なのだけど。

自分が恵まれた立場にいて、やりたいことをさせてもらえていることに超絶感謝しなきゃいけないと思う。
生まれ育ちで自分のやりたいことが限定されてしまう立場の人もいるわけだし
もう働いている人は、思うようにならないことだらけで、しかも人間関係にも悩んだり、社会的責任
があるわけだから、大変なんだ。きっと。

そもそも研究やりたいと思ったのは、自分の好きなことを仕事に出来るなんてステキという単純な考えで
今は、もっと実学的に、「人の役に立ちたい」と思っている。
前のラボの先生が「研究は巨人の肩の上に立つようなもの」とおっしゃっていたけど、
もし自分の研究がちゃんとちゃんと進めば、多くの人の役に立つものになるものだと思う。
世界を変える力、あると思うんだ。

いつか人の役にたてる研究が出来るように、目の前のことに一喜一憂しないで、ひたすら今は
努力すべきときだと思う。趣味や楽しみは息抜き程度で十分で、できるだけ多くの時間を将来の
ために充てないと私には時間が無いと思う。
そして、これからはいかに短い時間で最大の理解と結果を出せるかということを真剣に考えなければ
ならない。

感謝して努力する。これが最近の口癖。
そして、桜蔭会の冊子で見つけた湯浅年子さんのすてきな言葉。
私がやらなきゃ誰がやる。

2010年10月19日火曜日

PDBめも

ATOM'で始まる行(ATOMレコードと呼びます)で、蛋白質(核酸)に含まれる原子の3次元座標(普通はオングストローム単位の直交座標系)
その後に蛋白質(核酸)以外の分子(水分子や補酵素など)の原子の3次元座標が'HETATM'

Ctrl+Cキーを押して中断

2010年10月16日土曜日

Rでランダム関数を利用して列を並び替える。

参考までに。
Rでは行列の扱いが容易く、ランダム関数(PC内部の状況を利用しているらしい)
を利用して例えば列の入れ替えもすることができる。

> pi <- c(0.25,0.25,0.25,0.25) #確率
> x <- c(1,2,3,4) #要素
> sample(x,4,replace=FALSE,pi)#ランダムに並べ替え
[1] 4 2 1 3
> sample(x,4,replace=FALSE,pi)
[1] 3 2 1 4
> sample(x,4,replace=FALSE,pi)
[1] 1 2 4 3
> b <- matrix(1:12,nc=4, b=T)#行列作成
> b
[,1] [,2] [,3] [,4]
[1,] 1 2 3 4
[2,] 5 6 7 8
[3,] 9 10 11 12

> b[,order(sample(x,4,replace=FALSE,pi))]#列ごとにランダム並べ替え
[,1] [,2] [,3] [,4]
[1,] 4 2 1 3
[2,] 8 6 5 7
[3,] 12 10 9 11
> b[,order(sample(x,4,replace=FALSE,pi))]
[,1] [,2] [,3] [,4]
[1,] 2 4 1 3
[2,] 6 8 5 7
[3,] 10 12 9 11
> b[,order(sample(x,4,replace=FALSE,pi))]
[,1] [,2] [,3] [,4]
[1,] 3 2 1 4
[2,] 7 6 5 8
[3,] 11 10 9 12

2010年10月13日水曜日

メモ

得られたデータをコンピューターで接合し、オリジナルの配
列を復元する。この作業を行うソフトウェアをゲノムアセンブラ
と呼ぶ。

ユークロマチン

出典: フリー百科事典『ウィキペディア(Wikipedia)』

ユークロマチン(euchromatin)とは、遺伝子がより多く含まれているクロマチンの形状または種類のことで、転写が頻繁な領域である。ヘテロクロマチンと異なり原核生物真核生物の両方で見つかる。染色体上では薄い色が観察され、細胞周期では中期でのみ凝縮される。

2010年10月12日火曜日

日本語メモ

PDB formatから
ATOM にはポリペ. プチドの座標が
HETATM は ATP や金属イオンなどのポリペプチド以外の座標が書かれている。

2010年10月7日木曜日

動的計画法

この動的計画法の詳細pdfを自分のウェブに載せたのでよかったらぜひ。

http://maoringo.secret.jp/CGA6.pdf

そして日本語の説明は分かりにくいものも多いのですが、
文字列を比較する(配列を比較する)という意味では、以下のサイト参考になります。

http://octoba.net/archives/20100302-pubchem-mobile-android-419.html

2010年9月1日水曜日

ブログ移行


ちょいとブログを移行しました☆
かっちょいいブログです。
少々コメントが書きづらいですが、
よろしくお願いします!!
(なぜかameba pigg)

2010年7月24日土曜日

初投稿


とりあえず今間違いなく言えることは元気が無いということである。

2010年7月9日金曜日

Linuxでホスト名の変更。



メモメモ


先輩の名前の中なのはいやーと思い(Ubuntuを引き継いだ)


変更してしまった。


見つけるのに時間かかった~


maori@ほにゃほにゃ


のほにゃほにゃを変更するには


sudo hostname 新しいホスト名称


1行でした。にゃー





2010年7月3日土曜日

劇団だるい の 宣伝!!



更新が滞ってすみません。


もっとコードやら何やら書けば良いのですが


いやーはやー時がーたつーのがーはやーいー


というわけで(?)


今日は宣伝です☆


私の3つ上の代の先輩方を中心とした劇団


劇団だるいが、来週、お芝居をします☆


びっくりするぐらい、抱腹絶倒ものです。


だれか批判すればいいのに、と思うのに、


悔しいくらい笑いっぱなしで、多くの人が大満足しちゃう


とんでもない劇団です。


就職なさっても、演劇を続ける勇気に完敗です。


ちがう、乾杯です。


さて、その劇の詳細。


・劇団だるい第4回公演「ずっと週末だったらいいのに。」


・日時:2010年7月9日(金)~11日(日)


・場所:しもきた空間リバティ


・料金:前売り1,500円/当日1,800円


・URL:http://darui.ehoh.net/


ぜひぜひ。お勧めです!





2010年5月26日水曜日

日記帳をただ忘れたから長い考え事。



いろいろ歩いていると思いつくこともあるのにすぐに忘れてしまう。人が舌を巻くような努力をしなきゃいけないのに全然足りない。


発表が3連続でなかなかハードだ。でもせっかくやるのだったら楽しい発表や授業をしたいと思う。


もっと限界まで自分を追い詰めることはできるはずでもっと早くに来ることもだらしなくではなくちゃんと寝ることも出来るはずなのだ。


たくさんのタスクに囲まれていることに感謝しなくては。昨日研究員の先輩がおっしゃっていたように、放任されるよりよっぽどありがたいことなのである。


昨日はMP3が女の人のバックに引っかかってしまったのをおじさんがとってくれた。前におじさんは携帯を拾ってくれたことがあったし、荷物を助けてくれた時もあった気がする。いろいろな人に助けてもらって今生きている。


フットワークが軽くないのは自分の大きな弱点であり、そのような状況になった時に人を助けることは容易には出来ない気がする。


若者だから大きなことを書くのも許してほしい。


でも、研究をするというのは自分にとっては人の役に立ちたいということが原点にあって、おもしろい発見が出来れば、例えば医療だったら新しい薬や治療法を開発することに役立ち、多くの人をきっと助けられるのだと思う。


実験をしたことがないから分からないけれど、こんど取り組もうとしている研究がしっかりと進めば、実験をする人の手助けとなり、そういう意味でも人の役に立てるきっと。ウェットとドライで合同で研究を進めていくことはとても重要で、その両輪がうまく動くことがすごく大事だと感じている。


もしかしたら、自分がその中のなんらかの歯車になれるかもしれなくてそうなるためには、たくさんの知識や技術を今のうちに身につける必要があると思う。


様々な人の話を聞き、考え、手を動かし、表現する。幅広い知識や視点が得られるのは大学生の特権であり、大学院生となった今、そのチャンスは減ってきていることを感じる。つまり、自分の研究にあてる時間を多くしなければならないから。


早くテーマを確定して結果を出したいと思う。結果を出すというのは、予測器を作る、というようなものもそうだし、結果が出たら論文にまとめて、それが評価に値するようなものじゃなくてはならない。


隣のラボの先輩がおっしゃっていたように研究者は"Publish or Perish."出せるか滅びるか、学生の気楽さが保てるのはあと少しだ。すごい焦る。


あともうひとつ。外国の研究者の写真をみたりすると


女の人が結構多かったりする。日本の社会において女性が主力となって活躍していることが少ないというのは由々しき事態だと個人的には思っている。政治家にしても少ない。医者はそうでもないかもしれない。


薬剤師は多い。思うに、リスクの高いことに挑戦できる女性が少ないのかもしれない。そういう日本の環境かもしれないし、状況かもしれないし、教育かもしれない。でも由々しき事態だと個人的には思う。トップが男性で二番目が女性というイメージがまだ根強い。自分自身でもそういうところはあって、率先して自分から何かをするという意識に欠けてて、つい頼ってしまっているときが多い。由々しき事態というのは単純に日本における戦力が1/2になっちゃうよという事態を危惧している。ただでさえ借金まみれで優柔不断になりがちな日本でこれから坂を下って行くのが普通じゃないかと思う。人口も減るし。


思うに優秀な女性というのはたくさんいて、そういう人を見てきて、でも彼女たちは優秀であるからにして安定志向であったり、無難に生きる道を模索したり、そして自信のない人も多い。すごくすごくもったいないと思う。彼女たちが野心的になったなら日本はもっと変わるんじゃないかと思うのだ。


偉そうなことをつらつらと書いたけれど、自分自身を振り返ると、情報科学科出身なのにアルゴリズムを追うのも危うくて、勉強し始めた生物は分からないことだらけでここで生きていけるのか、ものすごい不安だ。思うことは大きいのだけれども自分の力は小さくて日々の出来ることは本当にわずかで、夢に近付けるのはいつになるかな、という感じだ。とりあえず、課題と発表準備をすることにする。勉強できることは恵まれていることだ。机があってPCがあって、屋根のある環境で毎日ご飯が食べられて、周りには人がいる。感謝して努力しよう。すぐにへこたれそうになるけど。


自分の考えが甘いことは重々承知なので


ぜひコメントをいただきたい。





2010年5月21日金曜日

Rとジヌクレオチドの確率頻度を計りたい。



メモ用。


x<-c(1,2,3,4)#A,C,G,T


pi<-c(.25,.25,.25,.25)#1塩基での確率


sample(x,10,replace=TRUE,pi)


[1] 2 2 1 3 3 1 3 1 1 3


#こんな風にランダムに出力できる。


pstring <- sample(x,1000,replace=TRUE,pi)


#1000個出力してpstringに格納。


which(pstring==1)


#その中で1であるものを選んで1がある番号を出力。


sum((which(pstring==1)+1)==which(pstring==2),na.rm=TRUE)


#12となる文字列の数を数える(あやしー)