2011年6月29日水曜日

CBRC 統合DB情報基盤サイトの調査(2)

統合DB情報基盤サイトについて調べていたのだが、WEBワークフローとActiveワークフローについて調べてみて、それらのクエリーと結果の表示の仕方と見方は分かったのだが、計算を並列に実行できることやクエリーの流れを意識できること、相互のソフトウェアによる結果比較が出来ることについて、具体的に何が特に良いのか、そして誰を対象としているのか(操作は若干行いにくい)、明確にすることが出来なかった。
よって、個々のソフトウェアやDBを調べて、有用そうなものをピックアップして、各ソフトウェアの実行結果を比較することの良さ、並列に実行することによる高速化の良さを見つけていきたいと思う。
また製作された先生と相談して、焦点やメリットを絞れれば番組として作っていきたいと思う。

ただCBRCの個々のソフトウェアやDBはあまり今まで紹介されていないので、情報基盤サイトを先に紹介するより、
個々のコンテンツを紹介したほうがよいのではないかと感じている。
そして、私自身がCBRCの個々のソフトウェアを調査したい。

また統合TVのタンパク質関係、RNA関係のコンテンツも充実させていきたい。

[候補]

Centroid Fold

RNA二次構造予測ソフトウェア

LAST

大規模ゲノム配列比較ソフトウェア

FORTE

プロファイル比較によるタンパク質立体構造認識法

POODLE

タンパク質ディスオーダー予測

SGCAL

糖鎖断片化解析ツール

PAPIA

並列タンパク質情報解析システム

WoLF PSORT

タンパク質細胞内局在化予測ソフト

何を優先したらよいのかしらん?

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