Local Blast めも

BlastとはDNAやタンパク質の配列を比較するツールである。
Local Blastはネット経由だと遅くなりがちだったりするので、ローカルで（自分のPCで）できたらいいじゃんってものである。

Local Blastのコマンドが新しくなった。

取ってきたaaファイルからblast検索に必要なファイルの作成
もと
formatdb -i yeast.aa -p T -o T
新
makeblastdb -in yeast.aa -dbtype prot -hash_index

もと
blastall -p blastp -d yeast.aa -i test.txt -o test.out
これが、新しくなったためにblastallが使えない（基本的に perlを使ってそれを経由して使うことは出来るらしい
blastp -db yeast.aa -query test.txt  -out test.out

blast
-i -d -p -o
blast +
-query -db -task -out

BLAST+	Traditional BLAST program
blastn –task blastn	blastall –p blastn
blastp	blastall –p blastp
blastx	blastall –p blastx
tblastn	blastall –p tblastn
tblastx	blastall –p tblastx
blastn –task megablast	megablast
psiblast	blastpgp
makeblastdb	formatdb
blastdbcmd	fastacmd

もと
-b 数字　
新
-num_alignments 数字
で出力に含まれるアラインメント数を指定
アラインメントされる配列数を限定する。

-e 0.1 でE-valueの閾値を指定
新　-evalue 0.1
E-valueが0.1以下でヒットした配列のみが出力される。

-F F　で低複雑度領域（フィルタ）のマスクをオフにする。
オンだと（デフォルト）　Xでマスクされていた（塩基配列ならN）部分が検索の際に考慮されていることがわかる。
もと　オン・デフォルト
オフにするには
-F F
新　オフ・デフォルト
オンにするには
-seg yes

-v 数字　で検索結果リストとして出力する数を指定できる。
新　-num_descriptions数字


出力形式の変更
-m 9 で、結果をタブ区切りテキストとして出力できる。
新　-outfmt 6
タブ区切りテキストなので、表計算ソフトで読み込むことができる。

-T Tを指定すると、結果をHTML形式で出力する。
test.out　→ test.html　に変更する。
新　test.html -html
リンクをクリックすると、NCBIの該当するエントリが開く。