2010年11月25日木曜日

Local Blast めも

BlastとはDNAやタンパク質の配列を比較するツールである。
Local Blastはネット経由だと遅くなりがちだったりするので、ローカルで(自分のPCで)できたらいいじゃんってものである。

Local Blastのコマンドが新しくなった。

取ってきたaaファイルからblast検索に必要なファイルの作成
もと
formatdb -i yeast.aa -p T -o T

makeblastdb -in yeast.aa -dbtype prot -hash_index

もと
blastall -p blastp -d yeast.aa -i test.txt -o test.out
これが、新しくなったためにblastallが使えない(基本的に perlを使ってそれを経由して使うことは出来るらしい
blastp -db yeast.aa -query test.txt  -out test.out

blast
-i -d -p -o
blast +
-query -db -task -out



BLAST+ Traditional BLAST program
blastn –task blastnblastall –p blastn
blastpblastall –p blastp
blastxblastall –p blastx
tblastnblastall –p tblastn
tblastxblastall –p tblastx
blastn –task megablastmegablast
psiblastblastpgp
makeblastdbformatdb
blastdbcmdfastacmd





もと
-b 数字 

-num_alignments 数字
で出力に含まれるアラインメント数を指定
アラインメントされる配列数を限定する。

-e 0.1 でE-valueの閾値を指定
新 -evalue 0.1
E-valueが0.1以下でヒットした配列のみが出力される。

-F F で低複雑度領域(フィルタ)のマスクをオフにする。
オンだと(デフォルト) Xでマスクされていた(塩基配列ならN)部分が検索の際に考慮されていることがわかる。
もと オン・デフォルト
オフにするには
-F F
新 オフ・デフォルト
オンにするには
-seg yes

-v 数字 で検索結果リストとして出力する数を指定できる。
新 -num_descriptions数字


出力形式の変更
-m 9 で、結果をタブ区切りテキストとして出力できる。
新 -outfmt 6
タブ区切りテキストなので、表計算ソフトで読み込むことができる。

-T Tを指定すると、結果をHTML形式で出力する。
test.out → test.html に変更する。
新 test.html -html
リンクをクリックすると、NCBIの該当するエントリが開く。

0 件のコメント:

コメントを投稿