2010年11月17日水曜日

PDBめも 読み方 (一部)

どうやら必要な情報を取り出すためには、ブロックとしてではなくて、最初から何文字に何があるのか
ということが大事らしい。

1-6レコードタイプ
13-16 原子名
18-20 残基名
23-26 残基番号
31-38 X座標
39-46 Y座標
47-54 Z座標
55-60 占有率
61-66 温度因子
77-78 元素名


名大成田先生のpdfより
   1-4 ATOM
7-11 Atom serial number ←原子通し番号
13-16 Atom name ←原子名
17 Alternate location indicator
18-20 Residue name ←残基名
22 Chain identification ←ポリペプチド鎖名
23-26 Residue sequence number ←残基番号
31-38 X (Orthogonal Å coordinates) ←原子の直交Å座標値
39-46 Y (Orthogonal Å coordinates)
47-54 Z (Orthogonal Å coordinates)
55-60 Occupancy ←占有率
61-66 Temperature factor ←温度因子
73-76 ID ←識別コード
77-80 Sequential number ←通し番号

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