語のメモ 配列解析

シグナルペプチド
シグナルペプチドは、タンパク質分子にある短い（3から60アミノ酸ほど）ペプチド配列で、シグナル配列、あるいは局在シグナル、輸送（移行）シグナルなどとも呼ばれる。細胞質内で生合成されたタンパク質の、輸送および局在化を指示する構造である。
具体例

• 小胞体移行：H₂N-Met-Met-Ser-Phe-Val-Ser-Leu-Leu-Leu-Val-Gly-Ile-Leu-Phe-Trp-Ala-Thr-Glu-Ala-Glu-Gln-Leu-Thr-Lys-Cys-Glu-Val-Phe-Gln-
• 小胞体保留：-Lys-Asp-Glu-Leu-COOH
• 核移行（NLS）：-Pro-Pro-Lys-Lys-Lys-Arg-Lys-Val-
• ミトコンドリアマトリックス：H₂N-Met-Leu-Ser-Leu-Arg-Gln-Ser-Ile-Arg-Phe-Phe-Lys-Pro-Ala-Thr-Arg-Thr-Leu-Cys-Ser-Ser-Arg-Tyr-Leu-Leu-
• ペルオキシソーム（PTS1）：-Ser-Lys-Leu-COOH
• ペルオキシソーム（PTS2）：H₂N-----Arg-Leu-X5-His-Leu-

小胞体シグナルペプチド
小胞体シグナルペプチドは最も研究の進んでいるシグナルであり、タンパク質分子のアミノ末端（N-末端；H₂N-）にある5-10個ほどの疎水性アミノ酸を中心とする配列

(以上wikipediaより）
presequence

(N末側アミノ酸配列) プレ配列, (特に分泌や膜結合のための場合) シグナルペプチド

(by Web LSD)

オルタナティブ　スプライシング

図４　スプライシング
（上）転写された加工前のmRNAが三つのイントロン（細い線）を含むことを表す。（下）スプライシングによるイントロンの使い分けにより、例えばこのような完成品として2種類のmRNAをつくることができる（この作り分けをオルタナティブスプライシングとよぶ）。

（http://kuchem.kyoto-u.ac.jp/seika/inoue/RNAtowa/RNA.htmlより引用）

isoform

 (機能が類似しているがアミノ酸配列の異なる蛋白質) アイソフォーム, イソ型

(Web LSDより）

inadequate

不適切な

expose

曝露 する, 露出 する, 露光 する, 被曝 する, 曝す

(Web LSDより） 

• ～の過程で
  • in the course of
  • in the process of

  （英辞郎より）

 LAST
What distinguishes LAST from BLAST and similar tools (e.g. BLAT, LASTZ, YASS)?

• The main difference is that it copes more efficiently with repeat-rich sequences (e.g. genomes). For example: it can align reads to genomes without repeat-masking, without becoming overwhelmed by repetitive hits.

(by http://last.cbrc.jp/)

 

  シーケンスロゴ

 
http://en.wikipedia.org/wiki/Sequence_logo