ごのメモ

配列プロファイル法（モチーフ法，フィンガープリント法）

あるファミリー中のタンパク質に共通するアミノ酸配列パターン（配列プロファイル，モチーフ，フィンガープリント，などの名称でよばれる） をあらかじめ定義しておけば，与えられたタンパク質の配列がそのパターンをもつかどうかを調べることによって，そのタンパク質がそのファミリーに属するか どうかを判定することができる．そのような方法を，配列プロファイル法，モチーフ法，フィンガープリント法，などとよぶ．

PMF(ペプチドマスフィンガープリント)法

タンパク質を消化して得られるペプチドのプロファイルを元にデータベースとの照合によりタンパク質同定を行います。
純度の高いタンパク質が得られる場合にお勧めです。

高い純度のタンパク質をトリプシン等の消化酵素で処理すると、酵素の特異性に従ってタンパク質は消化され、個々のタンパク質のアミノ酸配列に応じたペプチ ドに分解されます。生ずるペプチドの種類は、個々のタンパク質に特有のものですので、得られる複数の消化ペプチドの質量を測定することにより同定が可能と なります。

http://theravalues.com/services/pro_pmf.html

フットプリント法

footprinting

タンパク質がDNAに結合する部位を調査する手法。DNaseがタンパク質の結合したDNAは分解しない性質を利用し、タンパク質の結合したDNAをDNaseで処理し、ゲル電気泳動することでタンパク質の結合した部位がバンド上では抜け落ちたようになる。
http://dict.xii.jp/bio/cgi-bin/view.cgi?1316&bio_dictionary

Ubiquitin is a small regulatory protein that has been found in almost all tissues (ubiquitously) of eukaryotic organisms. Among other functions, it directs proteins recycling.
（Wikipedia)